1） 宗教的目的是精神的，鼓勵信眾崇拜虛化了的神靈；邪教重視功利的目的，鼓勵信眾崇拜活的教主。
在正統(tǒng)的宗教如基督宗教和伊斯蘭教中，現(xiàn)實中傳教者都是“上帝”或“真主”的“代言人”或“仆人”，佛教中的釋迦牟尼是一個活生生的人，他經(jīng)過艱苦的修行最終成了“佛—覺悟了的人”，佛教都是在傳播釋迦牟尼覺悟的理，所以，正統(tǒng)的宗教重視的精神世界，讓人們崇拜是虛化了的精神的東西。正如我國著名宗教學(xué)研究者卓新平所說：
各種宗教即指對“神靈”的信仰和崇拜，“神靈”作為人們的信仰對象乃是一種超自然而又控制著自然的力量，它或是如基督教的“上帝”和伊斯蘭教的“真主”那樣被人們稱以具體神名，或者被抽象表達(dá)為“絕對者”、“永恒者”、“至高無上者”、“無限存在者”、“超越時空者”、“超越時間和自然者”，等等。它被看作為萬物的起源和歸宿、一切存在的根基和依據(jù)。
邪教則帶著強(qiáng)烈的現(xiàn)實目的，如聚斂錢財，滿足教主自己的物欲或色欲，邪教的理論往往也很簡單膚淺，那么如何爭取民心呢？只有神化教主自己，讓人相信教主具有超自然的、神奇的、特殊的能力和品格，以此來煽動信徒對教主的狂熱和追隨，所以邪教區(qū)別于宗教的一個本質(zhì)特點就是教主崇拜。
2） 宗教的歷程是漫長的，宗教鼓勵人溶入正常的社會、家庭生活，成為社會生活的一分子；邪教的產(chǎn)生是短暫的，它鼓惑信徒擺脫家庭和原有的社會聯(lián)系，自成一體。
正統(tǒng)的宗教經(jīng)過漫長的歷史考驗，積累了幾十代人的智慧和經(jīng)驗，構(gòu)建了精妙的理論，“是精妙的花朵”，能夠?qū)θ说木裆钣兴鶈⒌稀Ｕy(tǒng)的宗教往往會通過與政府合作，“上帝的歸上帝，愷撒的歸愷撒”，并且提倡一些行為規(guī)范如“不許偷竊”、“愛自己的鄰人”、“愛自己的妻子”等鼓勵人們?nèi)苋胝５纳鐣⒓彝ド钪腥?，讓每個人成為社會中正常的一分子；但是，邪教的出現(xiàn)則往往是短期的、暫時的，它不愿意經(jīng)過漫長時間的等待，往往急于建立自己的忠實信眾隊伍，于是就鼓勵人們離開家庭，脫離正常的社會生活，形成一個以教主為中心、唯教主是從的小群體，這一方面正是邪教“反社會”的本質(zhì)特性的具體表現(xiàn)。
3） 宗教的作用是凈化人的心靈，解脫人的心理負(fù)擔(dān)，邪教的危害是控制人的精神，增加人的精神枷鎖。
宗教鼓勵人們淡化現(xiàn)實的苦難，重視精神的修養(yǎng)，從而實現(xiàn)自己心靈的寧靜。如佛教中講的人生八苦：生、老、病、死、怨憎會（本不愿在一起，卻不得不在一起）、愛離別（極愿在一起卻不得不分離）、求不得苦（苦苦求索，卻得不到）和五陰盛苦（物質(zhì)、感受、觀念、意志、意識等），可謂“苦海無邊”，但是通過無我、無像的不斷修行，逐漸達(dá)到一種寂靜、神秘的圓滿狀態(tài)。但是，邪教由于其急切的現(xiàn)實目的和極端的教主崇拜，它不可能讓信徒過一種安靜、睿智的生活，它必然要通過恐嚇、催眠等手段控制信眾的精神，騙取信徒的財產(chǎn)、色相等，從而滿足教主自己的私欲。例如，在人民圣殿教教主吉姆·瓊斯的寶座上方掛著一塊牌子，上面寫著：“誰忘記了過去的痛苦，誰就將再次受到懲罰”。這句話意味著正是他，吉姆·瓊斯，解除了教徒們原來的痛苦，如果教徒想背叛他，那么這些教徒就會再次陷入痛苦，受到懲罰?！胺ㄝ喒Α苯讨骼詈橹疽膊粩嗟卣f如果誰不在信他了，不跟他走，就會“形神全滅”，從而給信徒們造成極大的心理壓力和精神摧殘。
國外關(guān)于邪教成員的精神病學(xué)研究表明，邪教教徒經(jīng)常會出現(xiàn)記憶缺失、精神分裂、意識狀態(tài)改變等癥狀，而這一切癥狀都與邪教教主對其成員的精神控制以及邪教成員脫離社會的反常生活具有直接的關(guān)系。所以，邪教是對人的生理和心理健康有嚴(yán)重?fù)p害的，是違背人性的，也是違背正常的生活規(guī)律的，因而是“反人類、反科學(xué)”的，它利用信徒的痛苦，并最終加劇了他們的痛苦。
正如恩格斯所說：“一切宗教都不過是支配著人們?nèi)粘Ｉ畹耐獠苛α吭谌藗冾^腦中的幻想的反映，在這種反映中，人間的力量采取了超人間的形式”，宗教和邪教也是歷史發(fā)展過程中的產(chǎn)物，只不過宗教經(jīng)過了歷史和實踐的檢驗，是人類文化和精神的寶貴財富，對人的苦難的心靈起著巨大的慰籍作用，而邪教則是打著宗教的幌子，利用人們心靈的痛苦，采用精神控制的手段，急功近利地滿足教主個人的私欲，并給信徒的生理、心理健康帶來極大的危害。