1993年8月，在全國(guó)性的氣功熱中，中國(guó)氣功科學(xué)研究會(huì)將李洪志的法輪功接納為該會(huì)的直屬功法，并給了一定的扶持。以后逐漸發(fā)現(xiàn)李洪志的言行存在許多問題，嚴(yán)重背離了該會(huì)的章程，于是經(jīng)調(diào)查于1996年9月12日整理出《關(guān)于李洪志“法輪功”問題的情況反映》。據(jù)該文反映，李洪志是70年代初參加工作的，原系吉林省長(zhǎng)春市糧油供應(yīng)公司的一般工作人員，1991年才停薪留職外出傳功。該文列舉了李洪志的許多極端言行，說明李洪志在主持法輪功的傳播過程中，“大肆神化自己，大肆宣傳封建迷信，大肆制造政治謠言，存在著比較嚴(yán)重的問題。”該文最后提出了對(duì)法輪功（李洪志）問題的處理意見，說：“李洪志已多次聲稱他不再傳功、專心去研究佛學(xué)，與法輪功沒有什么關(guān)系了。說明氣功法人已不再執(zhí)行法人義務(wù)，作為直屬功派的法輪功總部組織自行解除了與我會(huì)的組織隸屬關(guān)系。原法輪功組織如想繼續(xù)功法的存在，則必須重新按照功法建立申請(qǐng)程序進(jìn)行申請(qǐng)，由主管單位另行審定。對(duì)李洪志氣功著作中的錯(cuò)誤及其他方面的問題，組織一定力量進(jìn)行分析批判，旗幟鮮明地廓清氣功宣傳中的錯(cuò)誤的東西，昭示氣功科學(xué)的本來面目。要引導(dǎo)廣大群眾正確練功，實(shí)事求是地對(duì)待練功效果和各種特異現(xiàn)象，對(duì)一時(shí)尚不易劃清界限、說明內(nèi)涵的問題，要加強(qiáng)研究，消除神秘感。使群眾練功過程形成為一個(gè)氣功科普的過程，根除氣功活動(dòng)中的封建迷信的影響……?！?
隨后中國(guó)氣功科學(xué)研究會(huì)于同年11月28日作出了《關(guān)于注銷法輪功直屬功法的決定》：
李洪志傳教的法輪功，1993年8月被接納為本會(huì)直屬功法，三年來學(xué)練法輪功的人數(shù)逐漸增多，對(duì)健身防病和對(duì)疑難病癥的治療，都取得了不同程度的效果。但對(duì)李洪志在傳功過程中宣揚(yáng)神學(xué)迷信，背離氣功活動(dòng)的正確宗旨與目的，引起多方面的非議與批評(píng)。在我會(huì)進(jìn)行治理整頓時(shí)，法輪功主持人李洪志不參加會(huì)議。鑒于李洪志在傳功活動(dòng)中背離本會(huì)的章程，又拒絕接受教育，決定將法輪功予以注銷。
1997年11月10日，中國(guó)氣功科學(xué)研究會(huì)重申“不予李洪志‘法輪功’注冊(cè)登記的決定不變”：
近來，本會(huì)陸續(xù)收到一些氣功愛好者來函或來電詢問：有關(guān)李洪志“法輪功”注冊(cè)登記問題中國(guó)氣功科學(xué)研究會(huì)重申：因李洪志“中國(guó)法輪功”等公開出版物和言行，背離本會(huì)章程，我會(huì)1996年已不予李洪志“法輪功”注冊(cè)登記的決定不變。并已向政府有關(guān)部門作過專題匯報(bào)。
由上可見，中國(guó)氣功科學(xué)研究會(huì)根據(jù)李洪志的言行及“法輪功”的性質(zhì)作出了其職權(quán)范圍內(nèi)的事情，業(yè)已與“法輪功”無任何關(guān)系。
